Российский исследовательский комплекс Нерв.
На российской базе Мари проходит успешную синхронизацию с кибернетической Евой-5 разработкой русских учёных в русском подразделении Нерв. Место действия запутанная сеть подземных туннелей. Не совсем понятно, где именно находиться комплекс то ли на водной платформе то ли просто на побережье. Вообще первые несколько минут фильма очень перегружены событиями речь идёт на трёх языках (японском, русском и английском). Оказывается, что на базе находился зародыш адама контейнер с которых забирает Кадзи Рёдзи, улетая на самолёте и предоставляя Мари сражаться с ангелом, к сожалению всё очень скоротечно, все сцены с Евой-5 занимают от силы 2-3 минуты. В жёстком сражении с Червём Ева получает критические повреждения и задействует систему самоликвидации, в последний момент, успев катапультироваться. Комлекс взрывается вместе с чёрвём и 5 евой. Мари выглядывает из плавающей в море капсулы, у неё почти нет травм, только подбит правый глаз.
Остаётся неизвестным кто мари по национальности

Кладбище Окраина Токио-3
В годовщину смерти Юи Икари, Гендо и Синдзи возлагают цветы на её могилу. Диалог практически повторяет сцены из оригинального сериала. Гендо улетает.

Основная транспортная магистраль Нерв
Синдзи едет на машине с Мисато. Синдзи выглядет подавленным после холодной беседы с отцом. Он явно ревнует с Рей к которой у Икарии гораздо больше чувств. Мисато пытаесая его успокоит но тут взрыв отбрасывает машину на обочину. Появился ангел которого прозвали песочные часы. На самом деле это вариация на тему Ангела Паука.
Битва даже не успевает разгореться потому что с самолёта сбрасывают Ева-2 и Аска разделывается с незадачливым ангелом менее чем за минуту.Появляется Аска и заявляет, что её Евангелион более совершенная модель, в то время как 00 и 01 всего лишь тестовые машины. Слегка ошалевший Синдзи поражён способностями Аски. Рей не проявляет к Аске особого интереса.

Позже тем же днём Квартира Мисато.
Синдзи возвращается домой только чтобы увидеть что вся его квартира захламлена коробками из Гермаии. Аска относится к Синдзи пренебрежительно, считая что его нежелание пилотировать Еву оскорбительно для все других пилотов. Мисато объясняет что они живут вместе потому что Аске надо совершенствовать японский а Синдзи больше общаться. Хватает фенсервисных сцен, например Аска пугается Пен-Пена точно так же как и синдзи выбегая полносью голая в коридор. Заметив что синдзи евидел её обнажённой она набрасывается на него с кулаками. Нам показывают несколько сценок из повседневной жизни мисато.

На следующий день
Кадзи навещает своих бывших подруг Рицуко Хакасэ и конечно же Мисато. А так же приглашает всех в Аквапарк это одно из немногих мест на земле где вся вода после второго удара превратилась в красную жидкость (кровь, LCL) и вся морская экосистема оказалась уничтожена. В аквапарке то немногое что удалось сохранить. Очень выглядет забавно как нашим героям приходиться пройти стерилизацию. В аквапарке Синдзи говорит Рей что ему жаль рыб которые обречены жить в неволе. На что Рей отвечает что только так они могут выжить.
На пикнике Рей отказывается есть мясо, а Аска читает ей нотацию что чтобы один жил другой должен умереть и это закон жизни. Тодзи забирает у Рей обенто (обед в коробке) и убегает преледуемый Пен-Пеном которому явно хочется попробовать содержимое. Синдзи наливает Рей суп мисо который изготовлен из сои и овощей и она благодарит его.
Ночью после Аквапарка Синдзи одиноко он пытается позвонить отцу, но тот не отвечает. Аска сидит в соседней комнате одевает на руку куклу и говорит с ней, что она должна быть лучше всех.

Луна
Мы видим коммандущего Икаре на Лунной базе Нерв, где он обсуждает с Фьюцеки последние этапы сборки Евы-6 и его пилота Каору. Табрис сидит на поверхности луны, разглядывая землю, хотя вокруг вакуум лунного пространства он одет так же как мы запомнили его в первом фильме простая рубашка и штаны.

Космос
Вскоре сенсоры обнаруживают нового ангела в виде чёрного шара падающего из космоса. Точка падения Токио-3, и осталось всего несколько часов до падения. Системы космической обороны наносят массивные удары N2 но АТ поле Ангела слишком сильно.

Токио-3
Городу отдан приказ об эвакуации и небо становиться чёрным от вертолетов, а море от кораблей которые вывозят население целого города. Так как с командующим не удаётся связаться, Мисато приходит к идее остановить Ангела разворачиванием АТ полей всех трёх Евангелионов. Аска настаивает, что она справиться одна и остальные Евы будут ей только мешать.

Позже в тот же день
Ангел падает и все три Евы отчаянно бегут по опустевшему Токио-3, чтобы его остановить. Первым успевает Синдзи но он один не может удержать силу ангела даже с полностью раскрытым АТ-полем. Ангел трансформирутеся из черного шара сложной структуры он принимает облик более знакомый нам по сериалу, три огромных глаза, из центрального глаза появлятется фигура с лапами пиками. Под великолепную хоровую музыку пики прондзают ладони Евы-1 Синдзи кричит от боли когда из-за отката Евы достаётся и его настоящим рукам. Остальные Евангелионы успевают вовремя, и всем вместе им удается пронзить ядро ангела за секунды до деактивации батарей. Ангел распадается в ЛСЛ, а с Токио-3 наконец связывается Гендо он уже на орбите земли. Он благодарит Мисато за отличную работу, а так же звонит Синдзи и говорит, что гордиться им.

Ночью
Аска понимает что несмотря ни на что не может жить совсем одна. Они проходит в комнату Синдзи заваленную коробками с вещами Аски и ложится рядом с ним на краешек одеяла. Мужество Синдзи когда он держал ангела с пронзёнными руками произвело на Аску впечатление. Они засыпают рядом.

Следующие несколько дней
Синдзи угощает Рей обедом, а Аска пытается найти общий язык с одноклассниками. Чтобы собраться с мыслями Синдзи поднимается на крышу школы, он вспонимает похвалу отца после победы над ангелом. Внезапно на крышу школы приземляется Мари на парашуте сцена изобилует фансервисом. Мари говорит что Синдзи пахнет ЛСЛ и ей нравиться этот запах, потом она связывается с кем-то телефону (Очевидно Кадзи) и говорит что при высадке на территорию японии её немного отнесло от намеченной цели.
Следующие несколько дней отношения Рей к Синдзи и Аски меняются обе каждая по своему пытается ему понравиться. Дело доходит даже до вяснения отношений в лифте. Правда в фильме Аска пытается влепить Рей пощечину, но та перехватывает её руку.

Позже космическое пространство
Над территорией северное Америки разливается клякса аномалии напоминающая 2 удар, но в меньших масштабах. Анализ данных показал, что источником взрыва стала Ева-4. На срочно совещании с SEELE принято решение законсервироваться Еву-2 из опасений с ней может произойти то же самое. Разумеется Аска не в восторге от такого поворота событий.

Несколько дней спустя
Из США прибывает Ева-3 и все в предвкушении кто же станет пилотом. Всё вроде бы указывает на Тодзи но оказывается он всего лишь беспокоился о своей сетрёнке в больнице которая наконец поправилась. Управлять 3 Евой берётся Аска в качестве компенсации за замороженную Еву-2.
Эксперимент решают провести в отдалении от Токио-3 и не зря при активации выясняется что в Еву вселился Ангел. Синдзи пытается вступить в Бой но не может опасаясь навредить Аске. Гендо переключается систему на Dummu Plug и первый юнит разрывает 3 еву на куски. А контактную капсулу просто сжирает вместе с остатками ангела и Аской внутри.

Квартира Рей
Аянами шокирована смертью Аски она как раз готовила что-то похожее на суп чтобы пригласить всех на ужин.

Медицинский центр
Мисато приходит в себя после взрыва на полигоне, у неё сломана рука но в целом она почти не пострадали. Рицуко повезло больше.

Геофронт
Синдзи спускается в Геофронт уничтожая технику и защитные системы и требует ответа от отца за смерть Аски. Но Гендро просто повышает давление ЛСЛ. Ему больше не нужен Синдзи у него есть система Dummy plug.

Синдзи в коме
Ему водиться Рей в поезде. Которая говорит, что ему не обязательно сражаться она постарается его защитить.

Реанимация
Синдзи приходит в себя но его сразу заковывают в наручники. Его доводы что Аска была его другом на Гендо не влияют, Синдзи отстранён от работы в нерв и ему приказано вернуться домой.

Дома у мисато.
Вещи Аски лежает напоминая о человеке, которого больше нет рядом с ними. Синдзи пакует небольшую сумку, а своей плеер выбрасывает в урну. Он уходит, потому что больше не хочет пилотировать Еву. Мисато пытается его остановить, в сцене явственно звучит намёк что она была готова с ним переспать, чтобы как то подбодрить после утраты Аски. Но синдзи уходт.

Метро
Синдзи садться на поезд из Токио-3

Окраины Токио-3 Зеруел пребывает во всей своей красе, нанося сокрушительные удары по городу. За несколько секунд город на поверхности почти полностью разрушен. Ева-01 отвергает Dummy Plug, Ева-00 серьёзно повреждена. Ева-2 без пилота. Ангел прорывается в геофронт. Кто-то запускает Еву-2 против Зеруела, запуск не авторизован Мисато даже не может предположить кто пилот. Им оказывается Мари, обстреляв Зеруела из Винтовки и Гранатомёта, Мари понимает что ангела так не одолеть. Ева-02 сеьёзно повреждена. Тогда Мари включает режим зверя, сбросив огранивающие стержни, несмотря на то что это наносит ей необратимые повреждения, с распадающимся телом, Мари бросается на Зеруела но даже так ей не удается пробить АТ поле. Зеруел сносит второму Юниту половину головы. В геофронт поднимается Рей в Нулевом юните с мощной бомбой Н2 в руках. Она пытается пробиться к ангело через АТ поле. Но он слишком сильно и тогда искалеченная умирающая Мари в Еве-2 подползает и зубами начинает сдирать куски АТ поля. В последний момент Рей пробивает защиту ангела он ему удаётся закрыть Ядро. За долю секунды до взрыва Рей отбрасывает изувеченную Еву-02 с Мари в сторону. Врыв разрушает большую часть геофронта но Зеруел по-прежнему невредим. Разбитая Ева-02 пробивает убежище где находится синдзи и показывает ему последние секунды Юнита-00 Зеруел пожирает беспомощный юнит вместе с Рей.

Штабквартира Нерв
Гендо отчаянно пытается запустить Dummy Plug но тщетно.Зеруел которого не могут остановить обычные системы обороны беспрепятственно спускается в NERV. Благодаря плоти Рей, система безопасности которая должна ликвидировать центральную догму с Лилит в случае проникновения Ангела не срабатывает. Синди садиться в Евангелион и уже в центральном командном центре вступает в бой. Но силы не равны - Синдзи не хватает каких-то секунд чтобы сокрушить ядро ангела, как Ева отключается. Зеруел отбрасывает Юнит-01 и собирается продолжить спуск в догму, когда Ева реактивируется. Не сама по себе, а благодаря отчайной воле Синдзи спасти Рей. Он сокрушает ангела, но не разрушает Ядро. Он тянется сквозь ядро чтобы вернуть Рей, постепенно теряя человеческий облик. С Синдзи слезает кожа, потом начинают распадаться мышцы, но он всё равно тянется и наконец вбирает Ангела в себя. В кабине Евы-01 обнажённая Рей обнимает Синдзи. Они оба замерли в поцелуе. Синхронизация достигает Пика. Над Евой-01 распахвается Нимб и крылья, Ева превращается в существо из света, в котором явственно видны два Ядра. Одно из них Синдзи, а второе Рей. Начинается третий удар.

Титры
…
…
…
…
Прежде чем Ева-01 в облике Ангела возносится над геофронтом, а анти-АТ поле превращает всех вокруг в ЛСЛ, Копьё Лонгиния пронзает Еву-01 сверху и процесс обрывается. Модуль гаснет. С небес спускается Каору в Еве-06. Он загадочно говорит: «может быть я смогу сделать тебя счастливым».

Смотрите в следующей серии.
Ева-08, Что стало с Мари? Мы видим Рицуко с пистолетом и множество Клонов Рей забившихся в углу. И в последнем кадре появляется Аска живая и невредимая в костюме Евы-02, только с латкой на правом глазу.

Больше всего меня радует изменения характера Синдзи. Вот ТАКИМ им я готов гордиться. Когда Мари поднимает его на ладони Евы и он, видя гибель Рей, сразу же бежит к Еве. Когда он не сомневается перед своим отцом и Евой, а сразу заявляет о том, что он пилот Первой. Когда в обесточенной Еве он кричит "Верни мне Аянами!" и, вновь запустив ее, выжимат все, что только можно (хотя в следующих частях посмотрим). Тут нет берсерка из 19 серии, он сам управляет вновь "ожившей" Евой. Когда тянется к Рей, несмотря на то, что с него лезет кожа и мясо. Это совсем другой человек...